git pullとかgit mergeでコンフリクトとなったファイルを編集して、git add、git commitすればいいです。コミットメッセージも必要です。
git mergetoolでビジュアルのDiffソフトで差分を見れたり修正したりできます。

コミットログはこんな感じです。SVNとは違ってコミットログに残るのが何か慣れないです。

$ git log --oneline
63bc3d1 fixed merge conflict
bbfdd9e edit in master
3dcfb2f edit in work
9eedc58 made a