gistでソースをjavascriptタグで表示したらRSSには出力できません。また毎回githubから呼びこむのはパフォーマンスも悪いですね。
これらの問題を解消してくれるプラグインがEmbed GitHub Gistです。
Embed GitHub Gistはgistから内容を取得して本文に出力するためRSSでも表示できるようになります。
記述ルールはとても簡単で**にgist id=12345のように書けば終わりです。詳細は上記のリンクで確認してください。
デフォルトのキャッシュは一日です。今のバージョン0.8ではまだ他の値に設定できませんが、簡単で十分だと思います。